Hirurogeita hamarreko hamarkadan garatu zenetik, DNAren sekuentziazioak irauli egin du panorama zientifikoa. Birologia, antropologia, onkologia, herentziazko gaixotasunen azterketa edo zoologia bezalako arlo ezberdinetan egindako ikerketa ugarik onura handia ateratzen diote DNA sekuentziatzeko teknikak eskuratzeari. Hala ere, azken belaunaldiko sekuentziazio-zerbitzu propioa izatea inbertsio ekonomiko handia da, inplikatutako langileak eta prest jartzeko denbora barne.
DNAren sekuentziazio masibo bat egiteko eta prozesatzeko beharrezko ekipoa eta ezagutza teknikoa ez daude ikerketa-talde guztien eskura. Errendimendu handiko sekuentziazio baten bidez, in vitro anplifikazio bat erabiliz, ligazio bidez edo paralelizatuz, kontua da horrelako proiektu batean emaitza fidagarriak lortzea funtsezkoa dela, eta, beraz, ikerketa-talde gehienek kanpoko sekuentziazio masiboko zerbitzu batera jotzen dute.
Hala ere, sekuentziazio-prozesua ez da laborategian hasten eta amaitzen, eta aldez aurreko urratsak, hala nola laginak biltzea, edo ondorengoak, datuen analisia, funtsezkoak dira DNA sekuentziazio bat ez dadin oso eztabaidaezina izan.
1. LAGIN-BILKETA EZIN HOBEA
Edozein azterketa genetikotan, ezinbestekoa da laginak hartzea. Bereziki, giza genetikako azterketen kasuan, laginen tamaina eta aniztasun onargarria lortzea, baita inplikatuen adostasunak eta borondatezko lankidetza ere.
Iraganean, odola ateratzen zen DNA analisiak egiteko metodo gisa; hala ere, laginak kontserbatzeko hoztu beharrak eta pazienteek lagin inbaditzaileak hartzeko metodo bati uko egiteak giza genetikako ikertzaileek alternatiba bat bilatzea eragin du.
Gaur egun, ikertzaile askok listu-laginak erabiltzen dituzte odola ateratzearen alternatiba gisa, ez baitu odolaren arazorik. Inbaditzaileak ez diren laginak hartzeko soluzioen artean, merkatuko liderra DNA Genotek da, eta horri esker giza DNA eta RNA eta mikrobioa atera daitezke listu, gorozki edo mukosaren laginetatik.
2. LAGINAK BIDALTZEA
DNA Genoteken laginak kontserbatzeko teknologiari esker, laginak merke eta erraz bidaltzen dira, eta lagin guztiak bildu ondoren giroko tenperaturan egin daitezke, biltzeko metodoak aukera ematen baitu urteetan hozterik gabe gordetzeko, DNAren kalitatea galdu gabe.
Bi egun baino gutxiagoan zure laginak laborategian egongo dira sekuentziatzeko prest.
3. SEKUENTZIAZIOA
Sekuentziazio-zerbitzua lagineko material genetikoa ateratzearekin eta araztearekin hasten da. Prozesuan erabiltzen diren sekuentziazio-ekipoen eta metodoen sentikortasuna dela eta, ezinbestekoa da laginaren ezpurutasun posiblea laginetik ezabatzea.
Horregatik, erauzketaren ondoren, lagina kalitatea kontrolatzeko prozesu zorrotz batetik igarotzen da. Prozesu horretan, material genetikoa arazteaz gain, laginean sekuentziazioa ahalbidetzeko material genetiko nahikoa dagoen egiaztatzen da.
Lagina behar bezala tratatu eta haren kalitatea frogatu ondoren, liburu-dendak eraikitzen hasi ziren. Laginaren DNA katea zati txikiagoetara murriztu ondoren ultrasoinuak edo entzimak erabiliz, zati bakoitza egokigailuekin aberasten da, ondoren zati hori identifikatzeko.
Proiektuak hala eskatzen badu, liburutegia anplifikatuko da PCR bat erabiliz, kalitatea kontrolatzeko beste prozesu zorrotz batetik pasarazi aurretik, prozesua behar bezala egin dela egiaztatzeko.
Azkenik, sekuentziazioa egiten da. Nukleotido bakoitzari gehitzen zaizkion etiketa fluoreszenteak detektatzeko gai den ekipo baten barruko zatien anplifikazioa, desnaturalizazioa eta berreraikitze selektibo eta sekuentziala konbinatzen dituen prozesua, liburutegiko kate bakoitzaren sekuentzia jasotzeko aukera ematen duena.
Hurrengo urratsak egingo den sekuentziazio motaren, erabiliko den teknologiaren eta sekuentziadorearen eta ikerketaren xedearen araberakoak izango dira.
- NGS sekuentziazio masiboak, Illuminaren teknologia erabiliz, oinarrizko lagina oinarriaren arabera sekuentziatzeko aukera ematen du, oso zehatz, testuinguruaren berezko sekuentzia-errore ia guztiak ezabatuz. Teknologia horri esker, honako hauek egin daitezke:
- Genoma txiki metagenomikoen sekuentziazioa16ARaren sekuentziazioa-ezarpenaren aurreko analisi genetiko selektiboa (AGP)
- Adierazpen geniko gidatuaren profilak aztertzea
- NGS sekuentziazio masiboak, Ion Torrent teknologia erabiliz, errendimendu handiko sekuentziazioak egitea ahalbidetzen du, denbora laburragoan eta eragiketa-kostu baxuan. Horrela, oso modu eraginkorrean sekuentziatzeko aukera ematen du:
- Genoma mikrobioak
- Salbuespenak
- Transziptoma
- Ile-sekuentziazioa Sanger sekuentziazio-metodoan oinarritzen da, eta Sanger sekuentziazio-metodologia automatizatua da. Metodo horrek elektroforesi-prozesu bat egiten du, DNA anplifikatu ondoren, markatutako didesoxinukleotidoak erantsiz. Metodologia horrek aukera ematen du:
- Polimorfismoen genotipoa (SNPak) Fingerprinting genetikoa
- STR zatien analisia
4. DATUEN ANALISIA ETA BIOINFORMATIKA ZERBITZUA
Egindako sekuentziazio mota edozein dela ere, gure sekuentziazio-zerbitzuan onartutako proiektu guztietan datuak gordin entregatzen ditugu, sekuentziatzailetik ateratzen diren moduan. Gainera, analisi bioinformatikoko zerbitzu bat ere eskaintzen dugu, ateratako sekuentziak aztertutako espeziearen genomarekin alderatzen dituena, lana errazteko.
Horrek aukera ematen dio ikertzaileari lan kopuru handi bat aurrezteko eta datu gordinak prozesatzeko, eta benetan axola duen bere ikerketaren zatian zentratzeko, betiere jatorrizko datuetara sarbidea izanik prozesua egiaztatu ahal izateko eta, behar izanez gero, etorkizunean erabili ahal izateko.
ONDORIOA
Lagina hartzen duzunetik datuak aztertu arte zure ikerketaz arduratzen den zerbitzu integral baten bidez, Abyntek Biopharman sekuentziazio integraleko zerbitzu bat eskaintzen diegu gure bezeroei prozesu osoan eta kalitate handikoa.
Zure taldea prozesuaren zatiren batez arduratzeko gai bada, dela laginak hartuta daudelako, dela bioinformatikako zuen taldeak datuak bere gain har ditzakeelako, zerbitzu horren urrats bakoitza bereiz kontrata daiteke, eta, horri esker, askoz ikerketa gehiagori lagun dakieke ataka onera iristen.
Abyntek Biopharman 15 urte baino gehiago daramatzagu ikertzaileei ahalik eta zerbitzu onena ematen. Horregatik, gure know-how eta esperientzia guztia jartzen dugu milaka zientzialariei beren ikerketarako erreaktibo perfektua aurkitzen laguntzeko, eta, horrez gain, gure Zientzia Sailaren esperientzia guztia bildu dugu, beren egunerokoan ikertzaileei gida eta laguntza emango dieten dokumentu lagungarriak sortzen.
Abyntek Biopharma
Peptidoen garapena, Proteina birkonbinatuen garapena, Antigorputzen garapena, Bioerreaktiboen inportazioa, Neurrira.
